Práce s EduBase 2 je rozdělena do několika jednoduchých kroků, které kopírují běžný způsob práce lektora, během přípravy na výuku. V prvé řadě má učitel k dispozici rozsáhlou sbírku různých učebních textů, poznámek, zajímavostí, otevřených či testových otázek, filmů, fotek a dalších podkladů.
Z těchto podkladů poté vzniká samotný výukový plán - hodina. Vyučující určí jakým způsobem, v jakém pořadí a které informace chce postupně zobrazit žákům během výkladu. Při tvorbě písemky nebo testu využívá různé sbírky příkladů a dříve použitá zadání. Tato činnost většinou zabere hodně času, který EduBase 2 výrazně zkracuje.
Práce s EduBase 2 přesně kopíruje popsané schéma. Nejdříve si uložíte libovolné výukové objekty do elektronické knihovny. Poté si z těchto výukových objektů sestavíte výukový materiál, který snadno využijete v elektronické nebo tištěné podobě.